Nas regiões cujos rios apresentam grande variabilidade de caudal anual e interanual, como acontece em Portugal, os problemas de degradação das águas fluviais agudizam-se no período de estiagem. Isto porque o caudal fraco implica um drástico decréscimo da capacidade de diluição dos poluentes, ou seja, da capacidade autodepuradora. Em casos extremos, como quando ocorrem secas prolongadas, em que o caudal é quase nulo (e por vezes com acumulação de águas estagnadas nos setores de fraco declive), o grau de degradação das águas atinge níveis elevadíssimos, fora do usual.
Refira-se também que a retenção das águas fluviais nas grandes barragens implica, quase sempre, uma redução do caudal dos rios a jusante, principalmente na época estival.
Mas este problema agudiza-se ainda mais com a crescente imprevisibilidade do regime das águas correntes.
Como se sabe, os rios são alimentados, diretamente, pelas chuvas, e, indiretamente, pelas nascentes localizadas ao longo do seu percurso. Daí que os caudais se possam manter relativamente elevados mesmo nos períodos de ausência de precipitações.
Mas nas regiões de solo desnudado, devido, muitas vezes, à desflorestação, os caudais dos rios estão quase exclusivamente dependentes da escorrência superficial e, portanto, das precipitações.
Durante as chuvadas o caudal aumenta rapidamente (dado que o solo desprotegido tem fraca capacidade de retenção da água), mas também depressa diminui quando param as chuvas, porque a alimentação pelas nascentes tem pouco significado, em resultado da grande profundidade das toalhas freáticas das áreas adjacentes ao vale fluvial.